由于施工企业工程项目存在着工期长、工点多、管理跨度大等特点，所以将工程审计一般分为前期审计、中期审计和终结审计三个阶段。各施工阶段的特点不同，其审计的内容也有所侧重。
工程项目的前期审计
工程项目前期审计，主要是对工程前期准备工作及施工管理的各项内控制度进行审计。及早发现矛盾和管理上的薄弱环节，防患于未然，为后续工程施工打下坚实基础。
1、首先审查《工程承包合同》：是否签订了项目承包合同，合同双方是否具有法人资格和相应的履约能力，内容是否合规完整；权、责、利划分是否明确。如有分包工程，还应审查《工程分包合同》。
2、审查工程施工准备工作情况：施工组织设计是否先进，现场施工队伍和机械设备的配置能否满足需要，指挥部的设置、定员、人员素质能否符合管理要求，达到精干高效、结构合理。
3、工程预算编制审查：是否编制了工程项目成本预算、费用预算、资金预算，编制依据是否充分，内容是否完整，预算定额是否合理。
4、对内控制度建立的审查：是否建立工程预算管理、合同管理、工资管理、成本管理、设备材料管理、安全质量管理、财务管理、分包工程管理等一系列管理制度，各项制度是否完善、严密。
